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quarta-feira, 21 de outubro de 2015

Conclusão do Genoma Câncer propõe reavaliação estratégica

Por Heidi Ledford e Revista Nature


Um imenso trabalho dos Estados Unidos para produzir o perfil de 10 mil tumores chegou oficialmente ao fim. Iniciado em 2006 com um orçamento de US$100 milhões, o Atlas do Genoma do Câncer (TCGA, em inglês) se tornou o maior componente do Consórcio Internacional do Genoma do Câncer, uma colaboração de cientistas de 16 nações que descobriram quase 10 milhões de mutações relacionadas ao câncer.

A pergunta é o que fazer a seguir. Alguns pesquisadores querem continuar a se concentrar no sequenciamento; outros preferem expandir seu trabalho para explorar como as mutações que foram identificadas influenciam o desenvolvimento e a progressão do câncer.

“O TCGA deveria ser finalizado e considerado uma vitória”, declara Bruce Stillman, presidente do Laboratório Cold Spring Harbor, em Nova York. “Sempre encontraremos novas mutações associadas a um tipo específico de câncer. A pergunta é: qual é a relação de custo-benefício?”.

Stillman foi um dos primeiros defensores do projeto, mesmo quando alguns pesquisadores temiam que ele pudesse afastar recursos de financiamentos individuais. O Atlas começou como um projeto de três anos, e foi estendido por mais cinco anos. Em 2009, ele recebeu US$100 milhões adicionais dos Institutos Nacionais da Saúde, além de US$175 milhões em estímulo de pesquisa que deveriam acelerar a economia dos Estados Unidos durante a recessão econômica global.  

O projeto teve dificuldades no começo. Naquele momento, a tecnologia de sequenciamento só trabalhava com tecidos moles que haviam sido rapidamente congelados. Mesmo assim, a maioria das biópsias clínicas são fixadas em parafina e marcadas para serem examinadas por patologistas. Encontrar e custear amostras frescas de tecido se tornou a maior fonte de gastos do programa, explica Louis Staudt, diretor do Escritório para a Genômica do Câncer do Instituto Nacional do Câncer (NCI) em Bethesda, no estado de Maryland.

Outro problema foi a complexidade dos dados. Ainda que alguns ‘indutores’ [também identificados como drivers] se destacassem como contribuintes para o desenvolvimento do câncer, a maioria das mutações formava uma confusa mistura de anomalias genéticas, com pouco em comum entre tumores. Testes de drogas que visavam os drivers logo revelaram outro problema: cânceres costumam desenvolver resistência rapidamente, normalmente ativando genes diferentes driblar qualquer processo celular bloqueado pelo tratamento.

Apesar dessas dificuldades, quase todos os aspectos da pesquisa do câncer se beneficiaram do TCGA, observa Bert Vogelstein, geneticista do câncer da Johns Hopkins University em Baltimore, Maryland. Os dados produziram novas maneiras de classificar tumores e apontaram alvos e carcinógenos anteriormente desconhecidos. Mas alguns pesquisadores acreditam que o sequenciamento ainda tem muito a oferecer. Em janeiro, uma análise estatística de dados de mutação para 21 cânceres mostrou que o sequenciamento ainda tem o potencial de encontrar mutações clinicamente úteis.

Em 2 de dezembro, Staudt anunciou que quando o TCGA for completado, o NCI continuará o sequenciamento intensivo de tumores de três cânceres: ovariano, coloretal e adenocarcinoma de pulmão. Ele então planeja avaliar os frutos desse trabalho extra antes de decidir se quer adicionar outros cânceres.

Escopo expandido

Dessa vez, porém, os estudos serão capazes de incorporar informações clínicas detalhadas sobre a saúde do paciente, histórico de tratamento e resposta a terapias. Como agora pesquisadores conseguem usar amostras fixadas em parafina, eles podem aproveitar dados de exames clínicos anteriores, e estudar como mutações afetam o prognóstico de um paciente e sua resposta ao tratamento. Staudt declara que o NCI anunciará um pedido de propostas para sequenciar amostras tomadas durante exames clínicos usando os métodos e rotas de análise estabelecidos pelo TCGA.

O resto do Consórcio Internacional do Genoma do Câncer, que deve divulgar planos iniciais para uma segunda onda de projetos em fevereiro, provavelmente usará uma abordagem semelhante, explica seu co-fundador Tom Hudson, presidente do Instituto para a Pesquisa do Câncer de Ontario em Toronto, no Canadá. A ideia de encontrar sequências que façam um tumor responder a terapias já foi adotada por financiadores do governo em vários países ansiosos para reduzir custos de saúde, explica ele. “Terapias de câncer são muito caras. Então nossa prioridade é descobrir quais pacientes responderiam a um medicamento caro”.

O NCI também está apoiando a criação de um repositório para dados não apenas de seus próprios projetos, mas também de trabalhos internacionais. Isso deve levar o acesso a dados e ferramentas de análise para um maior número de pesquisadores, explica Staudt. No momento, os dados da genômica do câncer constituem cerca de 20 petabytes, e são tão grandes e difíceis de administrar que apenas instituições com uma capacidade computacional considerável podem acessá-los. Mesmo assim, seu simples download pode levar meses.

Staudt admite que não é possível depender do financiamento de estímulo para abastecer esses planos. Mas um sequenciamento mais acessível e a capacidade de usar biópsias armazenadas em bancos biológicos devem reduzir seu custo, observa ele. “A genômica está no centro de grande parte do que fazemos na pesquisa do câncer”, explica ele. “Agora podemos formular perguntas mais específicas”.

Este artigo foi reproduzido com permissão e foi publicado pela primeira vez em 5 de janeiro de 2015.

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